Manastirea Secu este o vatra de traire duhovniceasca a carei vechime se ridica la aproape 500 de ani. Pe domeniul feudal al Cetatii Neamtului, pe valea Pârâului Secu, în jurul anului 1500 se aseaza un grup de sihastri care cu timpul, vor întemeia în anul 1530 sub conducerea Ieroschimonahului Zosima, calugar de la Manastirea Neamt, schitul cu acelasi nume: Schitul lui Zosima.
Domnitorul Petru Rares a cladit biserica Schitului Zosima pe locul actualei biserici a cimitirului manastirii. Schitul a fost îngradit cu zid de piatra la anul 1550 de Elena, sotia voievodului si de fiii sai, zid din care se mai pastreaza o mica parte la intrarea în manastire, în dreptul actualei biserici a cimitirului, unde era poarta de intrare în schit si clopotnita acestuia.
Acelasi domnitor Petru Rares, în prima lui domnie, a întarit stapânirea asupra pamânturilor ce apartineau mosiei Cetatii Neamtului, daruind aceste pamânturi spre folosire calugarilor de pe valea Pârâului Secu. Episcopul Melchisedec Stefanescu, vorbind despre începuturile Manastirii Secu aminteste ca pâna în anul 1910 se afla pe zidul clopotnitei din manastire, în nisa unde se afla acum o fresca cu Sf. Ioan Botezatorul, pisania originala de la biserica construita de Voievodul Petru Rares, pisanie care s-a deteriorat prin macinare din cauza asprimii vremurilor.
În vremea voievozilor Alexandru Lapusneanul (1552-1561 si 1564-1568), Petru Schiopu (1574-1579) si Aron Tiranul (1591-1595), Schitul Zosima mai primeste câteva danii spre folosinta si întretinerea calugarilor sihastri din aceste locuri.
Spre sfârsitul veacului al XVI-lea, Schitul lui Zosima cunoaste o dezvoltare deosebita, mai ales din punct de vedere economic: daniilor particulare li se adauga acum danii si confirmari domnesti, iar numele egumenului Dosoftei, unul dintre ucenicii lui Zosima, este des pomenit în pricinile de vecinatate cu mai vechii si puternicii calugari de la Manastirea Neamt.
În secolul al XVII-lea, Nestor Ureche, Vornicul Tarii de Jos, tatal cunoscutului cronicar Grigore Ureche, împreuna cu sotia sa Mitrofana, ctitoresc manastirea de piatra, în forma de cetate dreptunghiulara, cu biserica mare în mijlocul cetatii, careia i-au fixat hramul “Taierea capului Sfântului Ioan Botezatorul”, cu sarbatorirea la data de 29 august.
Nestor Ureche ajunsese sub domnia lui Ieremia Movila, prin bogatia casei sale, catre care se îndreptau veniturile a peste 70 de sate, dar si prin istetimea mintii, în rândurile celor dintâi boieri ai Moldovei. Marele Vornic al tarii avea calitatea de judecator principal al tarii si de “mai marele curtii domnesti“. Atributiile marelui vornic erau foarte întinse dintre care cele mai importante erau cele de ordin judecatoresc si cele de comandant al armatei moldovene.
Nestor Ureche si-a început cariera în timpul domniei lui Petru Schiopul, ajungând “Vornic de gloata”, apoi sub Aron Voda, în 1592 ajunge “mare logofat al Moldovei”, iar în timpul domniei lui Ieremia Movila este numit “Mare Vornic al Tarii de Jos” si joaca un rol politic si diplomatic de prim rang, purtând corespondenta cu solii straini, în care se intitula chiar “guvernator al Moldovei”, ajungând sa prezideze Divanul Moldovei o vreme, în lipsa voievodului. Tara de Jos cuprindea urmatoarele tinuturi: Iasi, Cîrligatura, Roman, Vaslui, Putna (Vrancea), Covurlui, Falciu iar Tara de Sus cuprindea regiunile: Dorohoi, Hârlau, Suceava, Neamt si Bacau.
Era firesc ca un astfel de boier, prin darnicia si evlavia lui sa fie si ctitorul principal al bisericii din Manastirea Secu.
Aceasta ctitorie, marele boier a înzestrat-o cu odoare, carti si mosii, asa cum erau înzestrate toate manastirile domnesti în vremea voievodului Ieremia Movila. În acea vreme, în scaunul Mitropoliei Moldovei era Gheorghe Movila, fratele voievodului, iar egumen la Manastirea Secu era Ieroschimonahul Dosoftei.
Numele ctitorului este mentionat dupa obicei în pisania asezata pe peretele de sud al bisericii mari, pisanie originala scrisa frumos în limba slavona, a carei traducere o redam mai jos:
“Cu vrerea Tatalui si cu ajutorul Fiului si cu savârsirea Sfântului Duh, cu rugaciunile Preacuratei Nascatoare de Dumnezeu si cu ale Sfântului Ioan Înaintemergatorul si cu ale tuturor sfintilor, cu bunavointa si îngaduinta dreptcredinciosului domnului nostru Io Ieremia Movila Voievod, cu mila lui Dumnezeu Domn Tarii Moldovei si a de Dumnezeu daruitilor sai fii io Constantin si Alexandru Voievod si cu a celuilalt frate al sau Simeon Movila Voievod si a copiilor sai; si cu binecuvântarea fratelui domniei lor Preaosfintitului Gheorghe Moghila, Mitropolitul Sucevei, cu buna râvna dumnezeiasca si cu adevarata avere de la Dumnezeu daruita a adevaratilor ctitori, s-au facut acest locas dumnezeiesc si s-au zidit spre lauda lui Dumnezeu celui Înalt, în numele Sfântului Slavitului Prooroc Înaintemergatorul si Botezatorul lui Hristos Ioan si a cinstitei lui taieri, de smeritul si mult gresitul si nevrednicul rob al Stapânului Hristos, Nestor Ureche, Marele Vornic al Tarii de Jos si de Doamna lui Mitrofana si de copiii lui: Vasile si Grigore si de alti de Dumnezeu daruiti copii ai lor. Sfintilor parinti petrecatori din acest sfânt locas ca sa va rugati lui Dumnezeu pentru noi mult gresitii robi ai lui Dumnezeu, Nestor Ureche si sotia sa Mitrofana si pentru tot neamul lor si pentru iertarea pacatelor lor în vecii vecilor. Amin.
Si s-au început a se zidi la anul 7110 (1602), iunie 7, si s-a ispravit în acelasi an, octombrie 5.”
Constructiile care alcatuiesc astazi complexul manastiresc de la Secu nu dateaza toate din aceeasi perioada. Bisericii din 1602 i s-au adaugat în secolul al XVIII-lea, pridvorul, în prima jumatate a veacului trecut un diaconicon, un proscomidiar, precum si pridvorasul de pe latura vestica, iar în anul 1850 i s-a refacut în întregime pictura interioara si tot atunci s-a reînnoit si catapeteasma. Zidurile incintei si turnurile de aparare, a caror constructie a început desigur cam în aceasi vreme cu aceea a bisericii, au suferit interventii si refaceri pe timpul lui Vasile Lupu. Celelalte cladiri ale manastirii, în forma lor actuala, cu exceptia laturei de sud, dateaza din perioada care a urmat incendiului naprasnic din 1821 provocat de turcii care au asediat manastirea.
În anul 1640 se construieste pentru pravila calugareasca Paraclisul “Adormirea Maicii Domnului” în turnul de S-E, de catre ieromonahul Ghedeon, egumenul manastirii la acea vreme.
Între Manastirea Secu si Cetatea Neamtului au existat întotdeauna relatii bune. În anul 1646, domnitorul Vasile Lupu supune canonic biserica din Cetatea Neamtului care avea hramul “Sfântul Ierarh Nicolae”, Manastirii Secu.
În anul 1718, când biserica din Cetatea Neamtului a fost distrusa din ordinul turcilor în timpul domnitorului Mihail Racovita, inscriptia cu stema Moldovei de la biserica lui Vasile Lupu va fi asezata pe exteriorul peretelui paraclisului “Adormirea Maicii Domnului” din partea de sud-est a incintei.
Între anii 1758-1763 se construieste din lemn Paraclisul Sf. Nicolae, egumen fiind în acel timp Ieroschimonahul Nifon Udrea Trotusanul, în amintirea bisericii mari din Cetatea Neamtului, paraclis care va dainui pâna la incendiul din 1821.
La 14 octombrie 1775 se stabileste la Secu Sfântul Paisie Velicicovski, staret fiind timp de patru ani pâna la 1779, când se muta la Manastirea Neamt, lasând la Secu egumeni dintre ucenicii sai. Cu acest prilej Manastirea Secu a fost supusa administrativ Manastirii Neamt pâna la 1910.
La 1821, lupta revolutionarilor eteristi cu turcii în Moldova, provoaca mari nenorociri Manastirii Secu. Aici s-a desfasurat ultima batalie ce a fost câstigata de turci. În urma atacului, manastirea a fost mistuita de flacari iar calugarii si cei aproape 500 de luptatori greci eteristi au fost trecuti prin ascutisul sabiei de catre turci.
Dupa 1821, s-au reconstruit corpurile de chilii din incinta si se reface din temelii Paraclisul Sfântul Nicolae ce a fost distrus de incendiu.
În anul 1832 se construieste pe temelie de piatra si zid biserica cu hramul “Nasterea Sf. Ioan Botezatorul” din cimitirul manastirii, pe locul bisericutei de lemn a lui Zosima, ce a fost distrusa de incendiu la 1821.
Pâna în anul 1850 se restaureaza biserica mare a manastirii, executându-se tot atunci si catapeteasma si pictura murala în ulei.
Anul 1910 reprezinta pentru Secu momentul despartirii din punct de vedere administrativ de Manastirea Neamt.
În perioada 1977-1984 s-au efectuat ample lucrari de restaurare a întregului complex monahal care au dat acestui asezamânt înfatisarea pe care o are si astazi.
Dupa evenimentele din 1989 când poporul român a iesit din întunericul comunismului, în Manastirea Secu s-au construit o serie de cladiri anexe necesare activitatilor manastirii, construindu-se si doua arhondarice ce ofera pelerinilor posibilitati de gazduire în conditii decente, totalizând un numar de 250 de locuri de cazare.
În perioada 2000-2002 s-au desfasurat lucrari de restaurare a picturii murale si a catapetesmei din biserica mare a manastirii, iar cu ocazia aniversarii a 400 de ani de la construirea manastirii a fost resfintita pictura bisericii de catre un sobor de ierarhi în frunte cu Înaltpreasfintitul Daniel Ciobotea, pe atunci Mitropolit al Moldovei si Bucovinei, staret fiind Arhimandritul Vichentie Amariei.